在專家看來，中國食藥監管體系興起20年后，還有進一步改革完善的空間。
“食藥監未來的改革可嘗試考慮大健康——大市場監管并行的新模式，即藥品、醫療器械、特殊食品作為高風險品種納入大健康范疇，普通食品安全工作劃歸大市場監管領域”，長期研究食藥監管體制的國家行政學院社會和文化教研部副教授胡穎廉對第一財經表示。
中國食藥監管體系的變革已經進行了20年，起點便是1998年國家藥監局成立。在這20年里，食藥監管體制幾經變遷，經歷了從“垂直分段”向“屬地整合”的轉變，以及2013年的食藥監管機構改革大整合。由各級政府整合質監、工商、食藥監部門所形成的食品安全監管機構和隊伍，通過相對集中監管，解決了“九龍治水”這一基礎性難題。2014年進行市場監管綜合執法改革后，一些地方還在市縣兩級推行市場監管部門“多合一”的改革。
第一財經在基層走訪時發現，針對“多合一”的改革，各省市的改革模式都不盡相同。有的地方在縣級進行了三部門合并，有的在市級進行了三部門合并；另外，各地合并后的新機構名稱也不盡相同，有稱市場監督局，也有稱質量和市場監督局；也有把原來工商局的登記、廣告許可、動產抵押以及食藥監、質檢的許可業務職能剝離出來，成立一個新的“行政審批局”。
胡穎廉認為，這一改革解決了“九龍治水”這一基礎性難題。地方在財力、編制、機構數、時間等約束下，采取了工商、質監、食藥監等部門成建制整合成市場監管局的做法。一方面，充分利用原工商體系的完整性，解決了食藥監在鄉鎮基層缺乏機構和隊伍的問題；另一方面，又解決了工商、質監下放到地方后政府工作機構數量增多，以及工商職能調整后機構和隊伍重新定位的問題。改革有利于解決職能交叉，充實監管力量，提高監管覆蓋面，發揮監管資源規模優勢，加強基層機構和隊伍建設。然而，綜合執法對食藥監管專業性的影響尚存爭議。食品藥品安全具有很強的專業性和技術性，是最大的民生和最基本的公共安全，需要站在人民健康、社會穩定的高度來看待。個別地方在體制改革中沒有突出食品藥品安全監管水平和能力，單純追求機構合并，異化了改革初衷。
“全國人大常委會執法檢查組的報告中也說了，綜合執法改革在一些地方弱化甚至邊緣化了食品安全監管職能，綜合執法改革使得藥品監管力量有所弱化，監管人員多由其他部門劃轉，人員老化、專業知識匱乏，專業人員流失較嚴重”，胡穎廉表示。
此外，按照一般規律，農牧業生產和食品藥品生產加工規模大的地區應當單設食藥監管機構，實現監管與產業相匹配。但現狀并非如此。有研究統計了全國前500個食品產業大縣的機構設置情況，發現單設食藥監管機構的僅為48%。
當前我國食品藥品產業基礎和社會基礎系統性薄弱。盡管許多農產品和食品產量已位居世界首位，但產業整體“大而不強”，不平衡、不充分發展的特性表現得尤為明顯。藥品產業也同樣，全國藥品生產企業近5000家，解決了缺醫少藥、產業壯大問題后，正在從仿制藥大國向創新藥強國轉變，產業結構需要根本性優化。
“全國1300多萬家食品藥品生產經營主體，僅有18萬食藥監管人員，監管資源與監管任務呈現結構性不匹配。我們在發揮中央集權單一制制度優勢的同時，必須正視其帶來的監管挑戰。這包括中央地方委托——代理不完備帶來的監管執法力度和責任層層衰減，造成了政策目標扭曲，以及信息本地化甚至地方保護等問題。我們要承認多種模式并存的必要性和合理性，下一步改革總體上至少有四種備選模式。”胡穎廉表示。
“走新時代中國特色的食品藥品安全治理道路，可以嘗試考慮大健康——大市場監管并行的新模式，即藥品、醫療器械、特殊食品（含嬰幼兒配方食品、保健食品、特殊醫學食品）作為高風險品種納入大健康范疇，普通食品安全工作劃給大市場監管領域。可以考慮在大健康部門下設專門的藥品、醫療器械、特殊食品中心，并在條件允許情況下行政級別適當高配，在監管上形成注冊審批、監督檢查、稽查辦案、應急處置的閉環，而不是目前的分環節監管。”胡穎廉表示。
據胡穎廉介紹，藥品、醫療器械審批和生產可以都劃歸國家垂直管理，高風險食品品種尤其是特殊食品監管、重大案件辦理等專業性較強的事務也應從國家層面一管到底。與此同時，中國食品藥品領域面臨產業發展、市場秩序、質量安全等多重任務，需要各級地方政府全方位、強有力的支持。中央試圖構建食品安全現代化治理體系，地方在問責壓力下關注集體食物中毒、食品污染等突發事件，食品安全工作并未納入經濟社會發展大局，形成一種“大事不出、小事不斷”的低水平均衡。為避免地方卸責，必須真正落實“地方政府負總責”。屬地管理和綜合執法利于動員監管資源，利用地方政府架構、工作網絡和信息優勢，通過“人海戰術”監督檢查，排查并消除點多面廣的風險點。
其次是把剩余的監管任務都交給地方。胡穎廉說，市縣負責普通食品生產經營企業的日常監督檢查，縣區監管部門試行大審批、大監管、大執法機構設置模式，改變“上下一般粗”的權責同構格局。這種模式就可以突出監管的專業性，同時承認基層監管的本地化，給縣以下尤其是鄉鎮監管人員“減負”，而高風險環節需要專業化。餐飲店、小食雜店的日常監管專業要求并不高，就可以讓地方監管部門加以監管。在適當條件下，上級將監督執法事權下移，中央通過轉移支付等方式支持地方工作，發揮地方信息優勢和中央、省級的監管專業化優勢。
“從長遠看，還應考慮將食品藥品安全作為基本公共服務向全民提供。食品藥品安全必須建立戰略性、基礎性、長效性的財政投入保障機制，確保屬地責任落到實處。一些地方已經在依據《”十三五“推進基本公共服務均等化規劃》，借鑒公共衛生領域做法，根據每千人抽檢批次、職業化檢查員數量、監管隊伍裝備配備標準化率等指標，科學測算常住人口人均監管經費和所需監管資源，避免區域不均衡。”胡穎廉表示。
