在沉默一個多月后，7月5日，農業上市公司山東登海種業股份有限公司（登海種業，002041.SZ）發布公告證實，其伊犁分公司在新疆維吾爾自治區伊犁州鞏留縣的種子生產基地，于5月下旬被當地農業主管部門認為有違規種植情況，公司副總經理李洪勝被當地公安機關采取強制措施，現案件正在調查中。
多個獨立的消息源此前向財新記者透露，登海種業在新疆鞏留縣的種子基地被查出涉嫌非法制種轉基因玉米，有包括公司高管在內的多人被采取強制措施。
7月3日，財新記者先后致函國家農業農村部新聞處和種子管理局查詢此事，到截稿時尚未獲得官方回復。
“我們能說的只能是涉嫌，現在這個事正在調查核實，還沒有出結論。”一位接近農業農村部種子管理局的人士表示，“作為立案查處的話，需要固定證據，形成一個完整的證據鏈來做完這個案子，這是需要一個過程的。”
6月21日財新記者曾赴新疆鞏留縣實地采訪，在縣城向南10多公里的塔斯托別鄉伊勒格代村村口，可以看到一望無際的玉米田，玉米田當中，幾座輸電鐵塔的下方，有大片裸露的黃色土地，在前后左右包圍的綠色玉米苗中顯得格外顯眼。
伊勒格代村村民表示，這些黃色地塊上原來種植的玉米青苗，于5月份被當地農業局檢測出轉基因成分，并在當月被鏟除。
村民介紹，該村村民與村委會簽訂協議，將土地承包給村委會，村委會又將土地承包給鞏留縣一位名叫楊冬冬的種糧大戶。楊冬冬在該村種植了4000畝制種玉米及6000畝的飼料玉米。“5月份，縣農業局在楊冬冬的制種玉米田里查出了轉基因，不到一個禮拜，就安排了至少五六輛大馬力拖拉機，將查出轉基因的制種玉米田翻了一遍，把玉米苗給鏟了，剩下了少部分不是轉基因的制種玉米。”一位村民描述道。
在楊冬冬的玉米地里，一位自稱是楊冬冬朋友的人士對財新記者表示，楊冬冬的制種田前幾年沒有查出過轉基因，今年是第一次查出轉基因，這次被鏟掉的是替登海種業種的制種玉米。“登海肯定要賠償的，你把轉基因的東西給我種了，你得給我賠錢。”不過他表示，目前一畝地按照多少錢賠還不清楚。
登海種業伊犁分公司的一名員工對財新記者表示，登海種業確實在鞏留有一個簽了合同的種糧大戶叫楊冬冬，幫登海種業制種沒幾年。但對于涉嫌制種轉基因玉米被查一事，他表示并不知情。只是稱分公司負責人王永軍出差了，具體去哪兒不清楚。財新記者未能聯系上楊冬冬。
鞏留縣為新疆伊犁州所轄。伊犁州位于新疆的西部，氣候適宜農業。從伊犁州首府伊寧市出發，向東南驅車兩個多鐘頭，就到達鞏留縣城。據鞏留縣政府官網，鞏留是新疆最大的玉米制種基地。據鞏留縣政府官網2015年消息，山東登海種業股份有限公司伊犁分公司位于鞏留縣城北農牧科技產業區，占地面積50畝，成立于2003年4月，當時由總公司出資1500萬元建成了300噸的果穗烘干生產線，是一家集科研、生產、加工、銷售為一體的農業高科技公司，主要從事農作物新品種選育、農業新技術開發及成果轉讓、技術推廣、技術咨詢、培訓服務、進出口業務等。2010年企業進行改擴建，建成了1200噸果穗烘干生產線。2012年4月，登海種業繼續擴大生產規模，投資1.2億元新建4條1500噸果穗烘干生產線，并配套建設成品庫、配電室、辦公樓、曬場等。
登海種業是著名玉米育種和栽培專家李登海研究員為首創建的農業高科技上市企業，位居中國種業五十強第三位，是“國家認定企業技術中心”、“國家玉米工程技術研究中心（山東）”、“國家玉米新品種技術研究推心”和“國家首批創新型試點企業”。李登海是全國人大代表。
據登海種業2017年年報，此次被新疆公安機關采取強制措施的公司高管李洪勝，1970年6月出生，農藝師，2010年8月至2013年7月任登海種業生產部經理，2013年8月至今任登海種業生產加工部經理，2016年8月任登海種業副總經理。新疆昌吉州登海種業有限公司的一位工作人員對財新記者表示，登海種業伊犁分公司由總部直接管理。
針對公司副總經理李洪勝被當地公安機關采取強制措施，是否因為涉嫌非法制種轉基因玉米，登海種業董秘原紹剛對財新記者表示，目前“不好確認，現在還沒有正式的聲明”。
新疆維吾爾自治區公安廳、伊犁州農業局和州委宣傳部、鞏留縣農業局和縣委宣傳部均拒絕了財新記者的采訪。伊犁州種子管理站站長孫川橋對財新記者表示，鞏留縣的案子已經移交公安，目前情況他并不清楚。伊犁州公安局警令部主任吳曉娟對財新記者表示，鞏留縣的案子目前正在偵辦過程中，不接受采訪。
作為玉米制種大縣，鞏留縣并非首次查出非法制種轉基因玉米。據鞏留縣政府官網消息，2016年5月20日起，鞏留縣種子管理站工作人員對全縣53952畝制種玉米基地進行了檢測，全縣選取了70余個點，發現父本疑似轉基因制種玉米2處，共計1200畝，其中提克阿熱克鄉莫因古則村800畝，塔斯托別鄉卡拉巴克村400畝，均為吉林德豐種業公司所制。吉林德豐種業公司委托人王平承認制種玉米父本為轉基因玉米，并愿意承擔給農戶造成的損失，每畝賠償農戶1200元，截止5月30日，1200畝轉基因玉米已經全部鏟除完畢。
農業部認可轉基因作物本身的安全性，但對轉基因作物品種的審定和產業化非常審慎，積極打擊轉基因作物的非法種植。目前中國已批準可用于商業化種植的轉基因品種主要是轉基因抗蟲棉和轉基因番木瓜，主糧轉基因品種的商業化種植都是違法的。但近年來各地依然發生多起偷種轉基因主糧作物事件，包括湖北多地發現種植轉基因大米、遼寧多地發現種植轉基因玉米等等。國內亦有多家大型種業公司被曝出涉嫌非法制種或者生產銷售轉基因種子，包括著名農業科學家袁隆平擔任名譽董事長的隆平高科（000998.SZ）旗下子公司等。
