2016年以來，自治區食藥監局認真貫徹落實自治區黨委、政府和國家食藥監總局的決策部署，積極引領經濟發展新常態，全面落實“放、管、服”改革要求，在全區范圍內大力實施食品經營許可“兩證合一”改革。記者從自治區食藥監局了解到，“兩證合一”工作開展一年來，實現了商戶許可程序“簡”、辦證速度“快”、窗口服務“優”的目標，取得了明顯成效。目前，全區食品經營戶共48000余戶，“兩證合一”實施率達到88％。
2016年6月28日西藏正式啟用新版《食品經營許可證》，取代原有的《食品流通許可證》和《餐飲服務許可證》。記者了解到，為確保全區食藥監管系統依法、依程序、依時限完成食品經營許可的申請受理、材料審查、現場核查等工作，進一步防范食品經營許可風險，發現并糾正食品經營許可管理工作中存在的問題，自治區食藥監局及時研究各地在食品經營許可管理工作中遇到的困難和問題，通過督查督辦及創建微信交流群等方式進行指導。
自治區食藥監局相關負責人表示，下一步將開發建成“西藏自治區食品經營許可管理系統”，實現食品經營許可的網上申請、受理，為審查、核準、發證、查詢、統計等提供信息化平臺，簡化審批流程，方便群眾辦事。同時及時梳理匯總西藏食品經營的模式與特點，認真分析農牧區各類食品經營異常狀態，研究探索有針對性的辦法措施，切實破解食品經營許可工作中的疑點難點，消除風險隱患。
